Rosetta@home 蘿西塔 (BOINC平台)

包含 Folding@home、Malariacontrol.net、POEM@HOME、Predictor@home、Proteins@Home、PS3GRID、Ralph@home、Rosetta@home、SciLINC@Home、SIMAP、Superlink@Technion、TANPAKU 這些專案
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Rosetta@home 蘿西塔 (BOINC平台)

文章 BOINC » 2006-04-15 16:42

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Rosetta@home
-蘿西塔

簡介:
由華盛頓大學Baker實驗室主持,藉由參加者的電腦來預測和設計蛋白質結構,以及蛋白質與蛋白質或配體間的相互作用。我們的目標是要精確預測與設計蛋白質結構與聚合體,最終可能有助於人類疾病如:HIV/AIDS、癌症、瘧疾與阿茲海默症的治療。(見疾病相關研究-英文、疾病相關的研究-簡體)
子專案:測試專案Ralph@home 拉爾夫

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請參考:[教學]BOINC基本名詞與安裝- ㈣添加專案

中文網站:
Rosetta@home 中文站(簡體):http://boinc.equn.com/rosetta/

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文章 BOINC » 2006-04-27 22:58

1.什麼是 Rosetta ?

Rosettta 是一個蛋白質結構預測及設計軟件。

2. 什麼是蛋白質?

蛋白質是由氨基酸組成的聚合物,由基因進行編碼。

3.什麼是氨基酸?

氨基酸是組成蛋白質的化學根。總共有 20 多種有特定基因的氨基酸。這 20 多種氨基酸依據屬性不同可分成不同的類別:酸性或是鹼性,親水或是親油。

4.蛋白質有什麼用途?

生物體中細胞的基本功能都是由蛋白質完成的。它們通過DNA對基因進行複製和保持,它們幫助細胞生長和分裂,並防止細胞生長過多,它們賦予細胞特定的身份(比如肝臟、神經元、胰腺等等),它們也幫助細胞間的交換。當蛋白質發生變異或者被毒素感染,就會引發諸如癌症或阿爾茨海默氏痴呆等疾病。細菌或病毒的蛋白質會攻擊並殺死細胞。總之,蛋白質可以做任何事情 :)

5.蛋白質如何完成所有這些各不相同的功能?

每種蛋白質都會摺疊成獨一無二的三維形狀或結構。這個結構決定了蛋白質的功能。比如用來打破葡萄糖以便細胞可以從中吸取能量的蛋白質將會呈現一個能識別並附著在葡萄糖上面(就像鎖和鑰匙)的形狀。它將具有能夠和葡萄糖相互作用並打破它以釋放能量的氨基酸。

6.為什麼蛋白質會摺疊成獨一無二的結構?

很早人們就已經認識到自然界中絕大多數的蛋白質都是熱力學最小的。通俗的說,蛋白質的形狀是所有它能呈現的形狀中最穩定的。想像一個漏斗裡面的球,它總是會滾回漏斗的底部,因為那是最穩定的狀態。

7.是什麼作用力決定了蛋白質的獨一無二的(最穩定的)自然結構?

蛋白質中氨基酸的序列就決定了它的自然狀態。由於氨基酸各不相同的化學屬性,有些氨基酸會因為互相吸引(比如電荷相反的氨基酸)會連接在一起;還有些氨基酸因為不親水(因為它們是油性的),它們就會驅使蛋白質形成一個緊湊的形狀,以至於不讓水碰到藏在蛋白質核心中的氨基酸。

8.為什麼很難決定蛋白質的自然結構?

即使是很小的蛋白質也包含100多個氨基酸。它所可能形成的構造的數目也將是一個天文數字,因為其中的自由度相當之多。要計算每一個可能狀態的能量(以便我們可以找出哪一個是最穩定的)也是一個很難處理的。這個問題的複雜度與蛋白質的大小呈指數對應關係。而一些人類的蛋白質更是巨大(由上千個氨基酸組成)。

以上資料來源:Rosetta@home 中文站
http://boinc.equn.com/rosetta/rah_science_faq.htm

9.羅西塔(Rosetta) 怎麼解決這個問題呢?


羅西塔(Rosetta)理論利用對物理化學中不同氨基酸產生的交互反應的了解﹐及對氨基酸局部構造如何能小部份的延展來結合蛋白質的認識﹐來縮小搜索範圍﹐評估各種可能的組合的能量。靠著取樣足夠的組合﹐羅西塔能找到需要最少能量但最穩定的原始蛋白質構造。


10為何羅西塔需要分散式運算來做結構預測?



在很多案例中﹐蛋白質的自然結構是已知的﹐我們也注意到羅西塔的能量功能能辨識穩定的自然狀態多過於不穩定的。當開始一個任意的結構時﹐我們觀察到很多的原始狀態並沒有被取樣過。但是利用分散式運算來做結構預測﹐我們可以取樣更多的結構﹐並嘗試不同的研究策略來看看那個最有效。


(本翻譯感謝 網友「果汁」提供 ^^ )

11Rosetta@home 會對醫學研究有幫助嗎?

請看Rosetta@home 中文站上的疾病相關的研究部分以瞭解 Rosetta 是如何應用於醫學問題的。

訪客

文章 訪客 » 2006-06-11 21:10

*ROSETTA@HOME*常見問題的中文繙譯在中國分散式計算總站裏有的:
http://boinc.equn.com/rosetta/rah_science_faq.htm

訪客

文章 訪客 » 2006-06-11 21:13

疾病相關研究的中文頁麵也有的:http://boinc.equn.com/rosetta/rah_medical_relevance.htm

Rosetta@home 官方站點裏所有的英文文本都可以在中國分散式計算總站裏找到中文頁麵,請訪問 Rosetta@home 中文站:http://boinc.equn.com/rosetta/

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Re: Rosetta@home 蘿西塔 (BOINC平台)

文章 BGCompInc » 2012-05-20 23:50

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這是啥情況!
平均一個WU使用500mb的記憶體...這樣的專案有幾個算得下去?
平均20%的wu在30-50分鐘左右即宣告錯誤失敗!
每個wu平均耗時4hr得分平均不到40分!
如果不是測試新主機...看不下去!居然比sudoku還慘不忍睹的給分率!
天下沒有白吃的午餐!
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